XIII is een CIA-agent met geheugenverlies. Z'n verleden bevat een geheim waarvoor huurlingen en zelfs zijn eigen regering over lijken willen gaan. Hij moet hen één stap voorblijven in een radeloze zoektocht naar zijn mysterieuze identiteit.Zijn enige identiteit is het Romeinse cijfer XIII dat hem werd toegewezen. XIII is een uitermate getalenteerd en dodelijk geheimagent. Dankzij plastische chirurgie en de identiteit die hij krijgt van een mysterieuze vreemdeling, slaagt hij erin om uit een Oost-Europees gevangeniskamp te ontsnappen. Hij wordt door een geheim genootschap gerekruteerd om de regering van de Verenigde Staten ten val te brengen, maar kan zich helemaal niets van zijn eigen verleden herinneren. Het hoe en waarom van zijn dodelijke opleiding zijn een compleet raadsel. Opgejaagd door een sinistere organisatie die het op de overheid gemunt heeft, dringt het al snel tot hem door dat zijn missie complexer en dodelijker wordt naarmate hij dichter bij de oplossing van het raadsel komt. Kan XIII, ten koste van alles, zijn ware identiteit achterhalen of zal het complot ook hem finaal de das omdoen?