2199. Het legendarische oorlogsschip Yamato wordt uit zijn watergraf getild en getransformeerd in een ruimteschip dat 148.000 lichtjaren ver moet reizen, op zoek naar de mysterieuze planeet Iscandar, de enige hoop voor de Aarde.
Het jaar is 2199. De Aarde wordt al vijf jaar bestookt door de boosaardige Gamilas, die met stralingsbombardementen het milieu vernietigen en de mensheid onder de grond drijven. Er resten de planeet nog slechts 73 dagen vooraleer hij compleet onbewoonbaar is geworden. Als de nood het hoogst is, is de redding nabij! De gedesillusioneerde ex-piloot Susumu Kodai krijgt een boodschap van de planeet Iscandar. Daar zou zich een apparaat bevinden dat de vervuilde atmosfeer van de Aarde opnieuw zou kunnen herstellen. Met de moed der wanhoop beginnen de aardbewoners aan de reconstructie van het oorlogsschip Yamato, dat uitgerust wordt met een revolutionaire motor. Voor Susumu en de Yamato begint een halsbrekende race tegen de klok, een missie waar het voortbestaan van de gehele mensheid vanaf hangt...